Kiểm tra sau thông quan: Những hồ sơ doanh nghiệp cần lưu trữ trong 5 năm

Nhiều doanh nghiệp lầm tưởng rằng sau khi hàng hóa đã rời cảng và được hệ thống quyết định thông quan là mọi nghĩa vụ hải quan đã hoàn tất. Tuy nhiên, theo Luật Hải quan 2014, cơ quan chức năng có quyền thực hiện kiểm tra sau thông quan trong thời hạn lên đến 05 năm. Đây là hoạt động hậu kiểm quan trọng nhằm đánh giá tính chính xác của dữ liệu và mức độ tuân thủ pháp luật của người khai. Việc thiếu hụt chứng từ hoặc không giải trình được tính logic của dòng tiền trong quá trình này có thể dẫn đến những án phạt hành chính và truy thu thuế cực kỳ nặng nề. Bài viết dưới đây sẽ bóc tách chi tiết các quy định pháp lý và danh mục hồ sơ sinh tử doanh nghiệp bắt buộc phải lưu trữ để đối ứng với các đợt hậu kiểm.

1. Bản chất và mục đích của hoạt động kiểm tra sau thông quan

Căn cứ theo Điều 77 Luật Hải quan 2014, kiểm tra sau thông quan là hoạt động nghiệp vụ mà cơ quan hải quan tiến hành rà soát lại toàn bộ hồ sơ hải quan, sổ sách kế toán, chứng từ và các dữ liệu liên quan đến lô hàng đã thông quan. Trong một số trường hợp đặc biệt và khi còn điều kiện, cơ quan chức năng thậm chí có thể thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa để đối chiếu.

Mục đích cốt lõi của kiểm tra sau thông quan không chỉ đơn thuần là tìm kiếm sai phạm, mà là đánh giá tính trung thực, chính xác của các chứng từ mà doanh nghiệp đã nộp hoặc xuất trình. Đây cũng là thước đo mức độ tuân thủ pháp luật hải quan và các quy định về quản lý ngoại thương. Hiện nay, việc lựa chọn đối tượng kiểm tra thường dựa trên ba căn cứ: khi phát hiện dấu hiệu vi phạm cụ thể, thực hiện dựa trên hệ thống quản lý rủi ro của ngành hải quan, hoặc kiểm tra định kỳ để đánh giá tính tuân thủ của doanh nghiệp.

2. Thẩm quyền và quy trình kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan

Việc nắm rõ ai là người có thẩm quyền ký quyết định kiểm tra sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong khâu tiếp đón và làm việc. Theo quy định tại Điều 79 Luật Hải quan, Cục trưởng Cục Hải quan và Chi cục trưởng Chi cục Hải quan là những người có thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan.

Khi quyết định được ban hành, cơ quan hải quan có quyền yêu cầu người khai cung cấp các chứng từ gốc như hóa đơn thương mại, hợp đồng ngoại thương, chứng từ vận tải, C/O và các tài liệu kỹ thuật chuyên sâu. Thời gian kiểm tra tại trụ sở hải quan thường không quá 05 ngày làm việc và quyết định phải được gửi đến doanh nghiệp chậm nhất 05 ngày làm việc trước khi tiến hành thực tế. Trong suốt quá trình này, doanh nghiệp có quyền tự giải trình, bổ sung tài liệu để chứng minh tính hợp pháp của các chỉ tiêu đã khai báo trên hệ thống VNACCS.

3. Danh mục hồ sơ doanh nghiệp bắt buộc lưu trữ trong 05 năm

Thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai là con số doanh nghiệp cần đặc biệt lưu tâm. Để bảo vệ lợi ích hợp pháp khi có yêu cầu kiểm tra sau thông quan, bộ phận logistics và kế toán cần phối hợp chặt chẽ để lưu trữ hệ thống chứng từ sau:

Hồ sơ thương mại: Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract), Hóa đơn thương mại (Invoice) và Phiếu đóng gói (Packing List). Đây là những tài liệu gốc xác định trị giá tính thuế và quy cách hàng hóa.
Chứng từ vận tải và bảo hiểm: Vận đơn, hóa đơn cước vận chuyển quốc tế và phí bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Những chứng từ này là căn cứ để hải quan kiểm tra các khoản điều chỉnh cộng khi tham vấn giá.
Chứng từ xuất xứ và kỹ thuật: Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) – đặc biệt là các mẫu hưởng thuế ưu đãi như Form E, Form D. Ngoài ra, Catalogs và tài liệu phân tích thành phần sản phẩm cũng là vũ khí quan trọng để bảo vệ mã HS Code đã khai báo.
Chứng từ thanh toán: Điện chuyển tiền (T/T), L/C hoặc các lệnh chuyển tiền qua ngân hàng. Đây là bằng chứng thép để chứng minh giao dịch là có thật và minh bạch về dòng tiền.

4. Xử lý kết quả kiểm tra và các kịch bản pháp lý

Sau khi kết thúc quá trình rà soát, trong vòng 05 ngày làm việc, người ra quyết định kiểm tra sẽ ký thông báo kết quả. Sẽ có hai kịch bản chính xảy ra đối với doanh nghiệp. Trong kịch bản lý tưởng, nếu các giải trình và chứng từ khớp lệnh hoàn toàn, cơ quan hải quan sẽ chấp nhận nội dung khai báo và thông báo hồ sơ hợp lệ.

Ngược lại, nếu doanh nghiệp không chứng minh được tính chính xác của nội dung khai báo, hoặc không cung cấp đủ hồ sơ theo yêu cầu, cơ quan hải quan sẽ tiến hành xử lý theo quy định của pháp luật về thuế và xử lý vi phạm hành chính. Điều này thường đi kèm với việc ấn định lại trị giá tính thuế, truy thu các khoản thuế thiếu hụt và áp dụng mức phạt từ 10% đến 20% trên số tiền thuế chậm nộp. Thậm chí, doanh nghiệp có thể bị hạ bậc tín nhiệm trên hệ thống quản lý rủi ro quốc gia, khiến các lô hàng tương lai luôn rơi vào luồng Đỏ.

5. SAFACO – Giải pháp quản trị rủi ro hậu kiểm chuyên nghiệp

Kiểm tra sau thông quan là một bài kiểm tra sức khỏe thực sự đối với hệ thống quản trị của doanh nghiệp. Sự thiếu sót trong khâu lưu trữ hồ sơ hoặc áp sai mã HS từ nhiều năm trước có thể trở thành “hố đen” tài chính không ngờ tới.

Thấu hiểu những nỗi lo đó, SAFACO không chỉ cung cấp dịch vụ vận chuyển mà còn mang đến giải pháp tư vấn và rà soát hồ sơ hải quan chuyên sâu. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẽ hỗ trợ doanh nghiệp thiết lập hệ thống lưu trữ chứng từ chuẩn chỉnh, thẩm định lại mã HS và trị giá tính thuế cho các lô hàng đã thông quan. Khi có quyết định kiểm tra sau thông quan, SAFACO sẽ đồng hành cùng doanh nghiệp trong khâu giải trình nghiệp vụ, đảm bảo tính logic và minh bạch trước cơ quan hải quan. Lựa chọn SAFACO, doanh nghiệp sẽ hoàn toàn yên tâm tập trung vào kinh doanh, bỏ lại sau lưng mọi nỗi lo về hậu kiểm hải quan!

Bạn có thể liên hệ qua: Công Ty Cổ Phần Xuất Nhập Khẩu Chính Ngạch Trung Quốc SAFACO